งานบริหารการศึกษาหลังปริญญา เดิมคือ หน่วยส่งเสริมพัฒนาทางวิชาการ เป็นหน่วยงานที่ได้รับการแบ่งส่วนราชการจาทบวงมหาวิทยาลัย ตามหนังสือที่ ทม 0202/32823 ลงวันที่ 28 ธันวาคม 2530 ต่อมาคณะทันตแพทยศาสตร์มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของคณะฯ โดยสภามหาวิทยาลัยมหิดลอนุมัติปรับเปลี่ยนชื่อหน่วย จากหน่วยส่งเสริมพัฒนาทางวิชาการ เป็น หน่วยจัดการศึกษาหลักสูตรหลังปริญญา เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม 2557 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคม 2557 และในปี พ.ศ. 2562 คณะทันตแพทยศาสตร์ เสนอขอปรับโครงสร้างการแบ่งหน่วยงาน จากเดิม “หน่วยจัดการศึกษาหลักสูตรหลังปริญญา เป็น “งานบริหารการศึกษาหลังปริญญา” โดยสภามหาวิทยาลัยมหิดล อนุมัติในคราวประชุม ครั้งที่ 550 เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2562 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่สภามหาวิทยาลัยอนุมัติ