โรงพยาบาลทันตกรรมมหาจักรีสิรินธรเริ่มดำเนินการขอรับรองคุณภาพโรงพยาบาลในปี พ.ศ. 2561 และได้รับการรับรองคุณภาพสถานพยาบาลขั้นที่ 2 ในปี พ.ศ. 2562 และมีแผนในการยื่นขอรับรองสถานพยาบาลขั้นที่ 3 ในปีงบประมาณ 2567 โดย วันที่ 26-27 ตุลาคม 2566 คณะเยี่ยมสำรวจได้เข้าตรวจเยี่ยมโรงพยาบาล ครั้งที่ 1 และในวันที่ 22 มกราคม 2567 คณะเยี่ยมสำรวจได้เข้าตรวจเยี่ยมโรงพยาบาล ครั้งที่ 2 ซึ่งปัจจุบันโรงพยาบาลทันตกรรมมหาจักรีสิรินธรอยู่ระหว่างรอผลการตรวจเยี่ยม เพื่อการรับรองมาตรฐานสถานพยาบาล ขั้นที่ 3